本分署負責管理新店溪青潭堰上游集水區之水源、水質、水量之安全與潔淨,以保護供應大臺北地區目前約600萬人口自來水之水源不受破壞與污染,本分署轄區範圍涵蓋新北市之新店、烏來、石碇、坪林、雙溪等5區,集水區面積廣達717平方公里,約佔全新北市行政區域面積的3分之1。