臺北水源特定區由本局委託新北市政府代為垃圾清運及環境維護。
垃圾高濃度有機質容易因棄置而造成蚊蠅孳生甚至導致流行病之發生，且其滲出水更因有機濃度高，滲入地下水後將造成水源水質之嚴重危害，故本局垃圾清運工作對水源水質及環境景觀維護之成果實功不可沒。
本特定區每日垃圾收集清運，收集量雖由7仟餘噸逐年增加，但收集清運得宜，未造成污染。目前更藉由垃圾分類、資源回收之宣導，達到減量之目標。
94年度垃圾清運工作擬全委由五區公所辦理，係因本局辦理92年度委託轄內五區加強垃圾清運工作，並依政府採購法規定，函請五區之上級機關新北市政府同意，惟該府依廢棄物清理法認為特定區內垃圾應由本局負責清除，並應足額編列垃圾處理費辦理委託垃圾清運工作。故對特定區之一般廢棄物指定本局負責清除之適法性，本局秉辦署函請環保署釋示，並獲致相關權責劃分：
（一）道路安全島、綠地、公園及其他公共場所之一般廢棄物由本局清除。
（二）家戶之一般廢棄物由執行機關（區公所）清除。
有關環保署釋示各該管垃圾清運之工作，因部份區域之垃圾處理無法與家戶垃圾確實區分，為免執行困難造成民怨及困擾，故自94年度起垃圾清運工作擬一併委託各區公所辦理。另94、95年垃圾清運量由鄉市公所提供，96年起不再提供。