本特定區設置12個河川水質採樣站，測站分佈為南勢溪（福山、烏來國中）、北勢溪（闊瀨、碧湖、大林橋、水源橋、黃櫸皮寮）及新店溪（平廣、屈尺堰、直潭壩、青潭堰、碧潭）等。
每月定期水質採樣檢驗結果，依行政院環保署「河川污染程度分類表」顯示均為「未（稍）受污染」程度。各測站水質，再依「地面水體分類及水質標準」將河川水質污染程度進行評估，除按月陳報並傳送有關單位外，歷年水質資料並提供給學術單位做學術研討用。